На сьогоднішній день бібліотека нараховує 140 тис. видань, в т.ч.: 72 тис. примірників книг, (з них близько 370 примірників англійською мовою 1993-2002 року видання), 57 тис. примірників періодичних видань. Передплачує 132 назви журналів. Комплектує літературу з усіх галузей медицини, охорони здоров'я і суміжних наук: біології, біофізики, біохімії, генетики, екології, радіології, фізіології, психології. У складі фонду зібрання праць видатних вітчизняних та зарубіжних вчених, в т.ч. київські видання Ліндемана – 1911 р. та Самуеля – 1882 р. по загальній патології, санкт-петербурзські видання Карла Шредера по гінекології – 1900 р., Каспера по судовій медицині – 1872 р., 21-томне видання "Реальной энциклопедиии медицинских наук" - 1891 р., енциклопедичний словник Брокгауза та Ефрона-1890 р., "Жизнь животных" Брема та інші. Зберігається також санкт-петербурзська щонедільна газета "Врач" - комплект з 1885 р., "Врачебная газета", "Журнал акушерства и женских болезней", "Медицинское обозрение" з 1896 р., видання сучасних авторів: монографії, посібники, керівництва, довідники, енциклопедії, словники, автореферати дисертацій.

   Система каталогів і картотек Вінницької обласної наукової медичної бібліотеки – є складовою частиною її довідково - бібліографічного апарату. Кожен каталог має своє цільове призначення, дозволяє проводити пошук видань відповідно запитів читачів. Бібліотечні каталоги і картотеки взаємопов'язані між собою, доповнюють один одного і розкривають склад і зміст бібліотечного фонду в різних аспектах.

 Довідковий апарат бібліотеки включає :

 Електронний каталог

    Електронний каталог вміщує бібліографічні записи на всі види документів, включаючи періодичні видання і статті, видані російською, українською мовами на різних носіях інформації і за різні хронологічні періоди. Пошук в електронному каталозі можна проводити за: прізвищем автора, назвою видання, предметними рубриками, ключовими словами, роком видання, іншими ознаками. У фондах бібліотеки є частина видань, інформація про які не внесена до електронного каталогу. Для їх пошуку можна скористатися картковими каталогами.

   Електронний каталог існує з 2000 р. На 01.01.2013 р. електронний каталог містить 19250 книг та 183480 статей.

    Карткові каталоги

    Алфавітні і систематичні карткові каталоги відображають фонди бібліотеки за окремою тематикою і видами документів. Залежно від способу групування вміщеного матеріалу каталоги бібліотеки розділяються на два види: алфавітний, систематичний. В алфавітних каталогах картки розставлені в алфавіті прізвищ авторів або заголовків книг, незалежно від їх змісту. За допомогою алфавітних каталогів можна встановити: чи є в бібліотеці той або інший документ. Генеральний алфавітний каталог започаткований у 1933 р., нараховує на 01.04.2008 р. - 44260 описів. Виконує функції службового і читацького. Включає бібліографічні записи на книги, брошури, збірки праць, матеріали з'їздів, конференцій, атласи, методичні матеріали.

    Предметний каталог

    Виконує функції службового і читацького. Користується великим попитом, включає опис книг, журналів з медицини та суміжних наук.

    Систематичний каталог

    Виконує функції службового і читацького. Розкриває книжковий фонд за змістом. Розділ медичної літератури побудований за таблицями УДК.

    Каталог періодичних видань

    Є складовою частиною алфавітного каталогу і доповнює його. Виконує функції службового і читацького. Дає можливість простежити, які видання передплачували і які зміни відбувалися в їх назвах протягом всього часу їх існування. Пошук проводиться за алфавітом назв журналів.

    Каталог персоналій

 Каталог персоналій є складовою частиною алфавітного каталогу і доповнює його. Виконує функції службового і читацького. Зібрані описи статей, які надруковані у вітчизняних періодичних виданнях, про видатних діячів медицини. Пошук проводиться за алфавітом прізвищ видатних діячів.